Производството на органската храна е строго регулирано и контролирано за да се обезбеди почитување на законски утврдените правила за органското производство.Најмалку еднаш годишно,овластени контролни и сертификациски тела вршат стручна контрола над производителите, преработувачите и увозниците на органски производи. Ваквите контроли се под надзор на Министерството за земјоделство, шумарство и водостопанство преку соодветни инспекциски органи кои вршат надзор на придржувањето на прописите за органско производство.
Доколку се утврди отстапување од принципите на органско производство, се изрекуваат соодветни казнени мерки, а може да се одземе и правото на употреба на ознаката за органски производи. Дополнително, контрола на органското производство врши и Агенцијата за храна и ветеринарство.